O batismo da Rússia em 988 não foi o início de sua cristianização, mas o começo de um processo bastante longo de penetração do cristianismo na região às margens do rio Dniepr. Segundo a tradição da Igreja o primeiro anunciador da fé em Cristo no território da futura Rússia foi o apóstolo André. Ele teve que assentar a cruz nos montes de Kiev e predizer que chegariam os dias em que lá reluziriam as cúpulas de numerosas casas de Deus. Claro que não possuímos nenhum monumento do cristianismo dos primórdios deste tempo (sabemos ser verdade que foram enviados para a Criméia no tempo das perseguições muitos cristãos, entre outros São Clemente, o terceiro bispo de Roma). Entretanto, a costa norte do Mar Negro sempre esteve na órbita dos interesses do Império Bizantino. Enviaram uma missão cristã sob a supervisão de São Constantino (Cirilo) para o país dos tártaros, que se estendia desde os Cárpatos até depois dos Montes Urais. Particular importância também merece o batismo dos russos efetuado nos anos 60 do século IX, no governo dos príncipes Askold e Dir. Provavelmente, entretanto, limitou-se a unicamente ao cortejo dos príncipes. Sob o governo dos príncipes Oleg e Igor (primeira metade do século X) o cristianismo começa cada vez mais intensamente penetrar abaixo do rio Dniepr. Depois da morte de Igor em 945 assume o poder na Rússia a princesa cristã Olga (batizou-se me Constantinopla, embora antes já tivesse seu capelão pessoal). No governo de seu neto Vladmir em 988 a Rússia finalmente aceitou o cristianismo. Nas mais importantes cidades foram estabelecidos bispados e foram conduzidas missões internas. No decurso de menos de um século cristianizaram os mais distantes recantos do país.

Período importante, embora muito difícil na história da Igreja Russa foi o domínio dos mongóis. Depois de três devastadoras expedições (1237-1241) eles conquistaram toda a Rússia, com exceção dos principados mais ao norte. Kiev e outras cidades maiores foram totalmente incendiadas. Milhares de pessoas foram assassinadas ou levadas em escravidão. Salvaram-se unicamente Nowogród e Psk. Os mongóis depois da finalização da conquista mostraram uma relativa tolerância com a Ortodoxia. Libertaram os metropolitas de Kiev com a condição de pagarem impostos e permitiram a eles andar livremente por todo o país. Ao mesmo tempo para a cátedra metropolitana convocaram de igual modo russos e gregos. Um deles de nome Teognost (1325-1352) no ano de 1328 decidiu trazer definitivamente a sede da metropolia da destruída Kiev para Moscou, o que iniciou a formação da metropolia de Moscou. Desde metade do século XIV Moscou tornou-se o principal centro de renascimento religioso e nacional.

No reinado do príncipe Demétrio de Moscou (1359-1389), na batalha de Kulikowy Polu (1380) o exercito tártaro-mongol sofreu uma derrota. A vitória, entretanto, não pôs fim ao domínio tártaro. Os mongóis continuamente mostravam-se fortes e impuseram à Rússia sua soberania. A vitória na batalha de Kulikowy Polu desempenhou um importante papel na história da Rússia, porque abalou a convicção da impossibilidade de derrotar os invasores.

O século XV foi para a Rússia tempo de renascimento espiritual. Nesta época foi iniciada a construção de muitas igrejas e o restabelecimento da vida monástica. Desenvolveram-se, então, os estudos teológicos, enquanto a arte da iconografia atravessou seu século de ouro. Os mosteiros russos mantinham constante contato com Constantinopla e com os mosteiros do Monte Atos.

No ano de 1448 a metropolia moscovita obteve o status de Igreja Autocéfala. Sob o reinado do príncipe Ivan III (1462-1505), no ano de 1480, Moscou libertou-se do domínio tártaro. A partir deste momento o estado moscovita transformou-se em potência. Isto favoreceu o desenvolvimento da Igreja Ortodoxa. Fundaram novos mosteiros, junto aos quais surgiram oficinas de iconografia, asilos, hospitais e oficinas de artesanato.

Em 1589, por decisão dos patriarcas do oriente a Igreja Russa é elevada ao status de Patriarcado. O patriarcado constituía-se de 4 metropolias, 6 arcebispados e 8 bispados. Nas solenidades de proclamação do patriarcado participou o Patriarca de Constantinopla Jeremias II. O primeiro a tornar-se patriarca foi Job, metropolita de Moscou.

A transição do século XVI para o século XVII, apesar do sucesso religioso, não foi um período vantajoso para a história do patriarcado. Nos anos 1598 a 1613 a Rússia experimentou grandes abalos políticos. O fim do governo da dinastia Ruryk e a morte do czar Teodoro levaram à guerra civil e à anarquia. As invasões polonesas e suecas pioraram a situação. Novamente a Rússia subsistiu unicamente graças aos esforços do Patriarca Hermógenes e dos monges do mosteiro de São Sérgio. A Assembléia nacional no ano de 1613 elegeu como czar Miguel Romanov de 16 anos, o que causou uma lenta estabilização da situação no país.

Em 1652 Nikon (1652-1681) tornou-se patriarca de Moscou, e com objetivo de uniformização dos livros litúrgicos com os originais gregos recomendou traduzi-los de novo e ordenou aplicar os ritos gregos em todos os lugares onde os ritos locais estavam diferentes. Parte do clero, com o protopresbítero Habacuque na liderança, recusou obediência ao patriarca. Os adversários de Nikon formaram uma comunidade própria de fiéis ao rito antigo. Nos anos 1666-1667 foi convocado um concílio em Moscou, no qual estiveram presentes Paisios, o patriarca de Alexandria e Macário, o patriarca de Antioquia. O concílio condenou os seguidores do rito antigo e julgaram também o Patriarca Nikon.

Um importante acontecimento do período citado foi a incorporação ao império moscovita das terras da parte ocidental da Ucrânia, que encontravam-se nas fronteiras com a Polônia. Em virtude do tratado de união em Krew, o grande principado da Lituânia uniu-se à Polônia, e em 1569 foi formado a partir deles um único país, a Polônia. Em 1596 ocorre a chamada “união de Brest” que tentou subordinar ao papa católico romano a Igreja Ortodoxa na Polônia. Isso deu origem a um dos motivos da explosão do levante cossaco na Ucrânia sob a liderança de Bogdan Chmielnicki em 1648. Buscando ajuda do czar Aléxis em 1654 em Perjaslaw, a assembléia dos cossacos aceitou a autoridade dos soberanos moscovitas. A guerra moscovita-polonesa, iniciada em conseqüência deste acordo, durou até 1667. Nenhum dos lados conseguia alcançar supremacia que caracterizasse uma vitória. Em virtude do conteúdo do acordo chamado “paz eterna” (1686), a Ucrânia foi dividida - a regiões à esquerda da Ucrânia incluindo Kiev entraram na composição do estado moscovita, enquanto as regiões à direita permaneceram com a Polônia. Em resultado dessas decisões, a partir de 1685 a metropolia de Kiev passou a estar subordinada ao Patriarcado de Moscou (o patriarca de Constantinopla Dionísio IV expressou sua anuência ao acordo em 1686).

O governo do czar Pedro, o Grande (1682-1725) teve influência desvantajosa para a Igreja Ortodoxa. No seu governo foram elaboradas reformas ao interior da Igreja, que tinham como objetivo subordinar a Igreja ao estado. No ano de 1700 morre o patriarca Hadrian, e o trono patriarcal é assumido, então, por Stefan Jaworski. Entretanto, ele não é elevado à dignidade de patriarca. Pelos próximos 20 anos o czar Pedro plantou nas sedes episcopais pessoas escolhidas por si. Sob supervisão do czar, o bispo Teofan Prokopowicz elaborou o “Regulamento clerical” publicado em 1721, que modificava a situação legal da Igreja. A mais importante deliberação deste novo regulamento foi a extinção do patriarcado e sua substituição por conselho administrativo fixo composto de clérigos e chamado de Santo Sínodo. O Sínodo compunha-se de um superior ou líder e dois substitutos, e outros oito membros indicados entre os bispos, monges e sacerdotes. O Sínodo não era um órgão formado por eleição, mas cada um dos seus membros era indicado pelo czar e ele mesmo podia destituir do cargo. Isto significava, é claro, a subordinação da Igreja às autoridades seculares e o cerceamento de suas atividades. Em face ao despotismo das autoridades, toda e qualquer oposição terminava com a morte ou aprisionamento dos insatisfeitos.

A limitação da influência e da liberdade da Igreja alcançou o seu ápice sob reinado da czarina Catarina II (1762-1796), quando foram tomadas terras da Igreja e fechados muitos mosteiros. Esta situação provocava protestos de muitos bispos. O mais conhecido foi Arsênio Matsiewicz, metropolita de Rostov, que no ano de 1772 a czarina mandou matar de fome, porque ele havia criticado sua política. Outros bispos foram enviados para a prisão ou privados do direito de usar os paramentos clericais. Neste tempo, apesar da difícil situação surgiram na vida da igreja sinais de renascimento espiritual. Estes indicativos estavam relacionados com a atuação de pessoas notáveis como São Tikon Zadonski (1724-1783) e São Paisios Wieliczkowski (1722-1794). Os maiores deles foram: São Serafim de Sarov, Metropolita Filaret (Drozdow), o bispo Teofan, o Recluso (Zatwornik), o bispo Inácio Branczaninow assim como os anciãos do eremitério de Optina com destaque para São Ambrósio de Optina.

No começo do século XX na igreja russa aparecia um anseio cada vez mais forte em direção ao restabelecimento do patriarcado. No dia 15 de agosto de 1917 foi aberto o Sínodo Local da Igreja Russa, cuja mais importante decisão foi a reabertura do patriarcado. Para patriarca de Moscou e de toda a Rússia foi eleito Tikon (Biellajewa), o metropolita de Moscou.

Infelizmente, eram já os turbulentos tempos pré-revolucionários. Em outubro de 1917, depois da revolução bolchevique, o Governo Provisório assume a autoridade no país, a Igreja fica privada de identidade legal. Confiscam, então, todo o seu patrimônio e inicia-se a perseguição ao clero. Até 1939 foram assassinados 130 bispos, milhares de padres e monges, e centena de milhares de fiéis. Um número ainda maior de pessoas foi condenado à deportação e a trabalhos forçados. A repressão, entretanto, não conseguiu destruir a Igreja.

As perseguições foram parcialmente interrompidas com a eclosão da II Guerra Mundial. Stálin buscando o pleno apoio da sociedade muda a política religiosa no país. Chega um tempo de tolerância para a Igreja. As autoridades comprometeram-se a cessar a propaganda anti-religiosa. Permitiram a eleição de um patriarca que foi o metropolita Sérgio (Starogorodski). Foram restituídas à Igreja 20 mil templos e 70 mosteiros, assim como permitiram a abertura de um seminário clerical. Nesta ocasião muitos clérigos foram libertados da prisão.

Depois da morte do Patriarca Sérgio em 1944, foi eleito patriarca Aléxis I (1944-1970), que pretendeu um amplo renascimento da vida da igreja. Entretanto, quando Nikita Kruchev assumiu o governo da URSS, novamente caiu sobre a Igreja terríveis perseguições. Dezenas de bispos, milhares de clérigos e dezena de milhares de simples fiéis alimentava os campos de trabalhos forçados, postos de trabalho e prisões. A destruição de igrejas cresce a um ponto inesperado, até então. A vida monástica passa a ser totalmente proibida. As atividades editoriais e educativas são rigidamente controladas.

Somente no governo de Michail Gorbaczow ocorreram mudanças significativas. A Rússia começa a caminhar em direção à Europa e tinha que rever sua relação com a religião. Passam a permitir a abertura de templos e mosteiros. Até o ano de 2000 foram restituídos à Igreja 60 mosteiros, 4000 igrejas e abertas mais de 2000 novas paróquias. As necessidades, entretanto, eram significativamente maiores. Sentia-se sensivelmente a falta de clero, igrejas e literatura religiosa. E o pior é que se aproveitando da situação de “fome de clero”, algumas confissões religiosas e seitas começaram aqui intensa agitação e proselitismo. Isto levou ao enfraquecimento da, até então, ativa participação do Patriarcado de Moscou no movimento ecumênico e esfriamento das relações com a Igreja Católica Romana (principalmente pelo seu retomado apoio ao revitalizado greco-catolicismo).

Atualmente o Patriarcado de Moscou possui 12 metropolias e 115 bispados, em torno de 500 mosteiros e 20 mil paróquias. Na composição do clero entram 151 bispos, 17500 padres e 2275 diáconos. Os fiéis estão em torno de 70 milhões. Na composição do patriarcado entram a Igreja Ortodoxa Ucraniana (5 metropolias, 32 bispados), a Igreja Ortodoxa da Bielo-Rússia (1 metropolia e 9 bispados), a Igreja Autônoma do Japão e várias dioceses na Europa e América do Norte. O chefe da Igreja atualmente é o Patriarca de Moscou e toda a Rússia, Aléxis II, que é o 15o. patriarca desde a formação do patriarcado. O atual patriarca nasceu a 23 de fevereiro de 1929 em Tallin. No dia 3 de setembro de 1961 teve lugar sua quirotonia para bispo. No dia 7 de julho de 1990 o Concílio local da Igreja Ortodoxa Russa elegeu o metropolita Aléxis para patriarca. A intronizaçao ocorreu a 10 de julho de 1990. O patriarca de Moscou usa oficialmente o título: “Sua Santidade, Patriarca de Moscou e toda a Rússia”. A residência do patriarca e sua catedral dedicada à Teofania situam-se em Moscou.